本发明涉及一种甘蔗梢腐病病原菌（Fusarium？moniliforme）小种gx1的分子检测方法，包括引物和探针设计、提取甘蔗梢腐病病原菌小种gx1的DNA、建立qPCR检测的反应体系、qPCR检测的反应程序和qPCR检测结果。本发明采用Taqman探针的实时定量PCR检测方法，具有灵敏度高，特异性好，所需要的DNA用量少的特点，较常规半定量PCR检测的灵敏度高1,000倍，可以直接从甘蔗发病的叶片中检测到病原菌，减少了病原菌的分离、纯化和培养过程，可用于田间对甘蔗梢腐病病原菌小种gx1诊断及检测，节省时间和经费。
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